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Perfil en el portal institucional

Rodriguez-paton Aradas, Alfonso Vicente alfonso.rodriguez-paton@upm.es

INTELIGENCIA ARTIFICIAL / Universidad Politécnica de Madrid

DNMG: Deep molecular generative model by fusion of 3D information for de novo drug design

  • Song T
  • Ren Y
  • Wang S
  • Han P
  • Wang L
  • Li X
  • Rodriguez-Patón A
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Methods (p. 10-22) - 1/3/2023

10.1016/j.ymeth.2023.02.001 Ver en origen

  • ISSN 10462023

BioBlocksLab: A portable DIY Bio Lab using BioBlocks language

  • Ma T
  • Méndez-Merino D
  • Uría-Regojo G
  • Sánchez-Fernández C
  • Giner-Sánchez L
  • Guerrero-Aspizua S
  • Quílez-López C
  • Rodríguez-Patón A
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Methods (p. 36-43) - 1/2/2023

10.1016/j.ymeth.2023.01.001 Ver en origen

  • ISSN 10462023

PETrans: De Novo Drug Design with Protein-Specific Encoding Based on Transfer Learning

  • Wang X
  • Gao C
  • Han P
  • Li X
  • Chen W
  • Rodríguez Patón A
  • Wang S
  • Zheng P
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International Journal Of Molecular Sciences - 1/1/2023

10.3390/ijms24021146 Ver en origen

  • ISSN 14220067

Molormer: a lightweight self-attention-based method focused on spatial structure of molecular graph for drug-drug interactions prediction

  • Zhang X
  • Wang G
  • Meng X
  • Wang S
  • Zhang Y
  • Rodriguez-Paton A
  • Wang J
  • Wang X
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Briefings In Bioinformatics - 19/7/2022

10.1093/bib/bbac296 Ver en origen

  • ISSN 14675463

KG-DTI: a knowledge graph based deep learning method for drug-target interaction predictions and Alzheimer's disease drug repositions

  • Wang, Shudong
  • Du, Zhenzhen
  • Ding, Mao
  • Rodriguez-Paton, Alfonso
  • Song, Tao;

Applied Intelligence (p. 846-857) - 1/1/2022

10.1007/s10489-021-02454-8 Ver en origen

  • ISSN 0924669X

Network-Based Approaches for Drug Repositioning

  • Song, T
  • Wang, G
  • Ding, M
  • Rodriguez-Paton, A
  • Wang, X
  • Wang, SD

Molecular Informatics - 1/1/2022

10.1002/minf.202100200 Ver en origen

  • ISSN 18681743

AMDE: a novel attention-mechanism-based multidimensional feature encoder for drug-drug interaction prediction

  • Pang S
  • Zhang Y
  • Song T
  • Zhang X
  • Wang X
  • Rodriguez-Patón A

Briefings In Bioinformatics - 1/1/2022

10.1093/bib/bbab545 Ver en origen

  • ISSN 14675463

DeepFusion: A deep learning based multi-scale feature fusion method for predicting drug-target interactions

  • Song T
  • Zhang X
  • Ding M
  • Rodriguez-Paton A
  • Wang S
  • Wang G

Methods (p. 269-277) - 1/1/2022

10.1016/j.ymeth.2022.02.007 Ver en origen

  • ISSN 10462023

Bolaform Surfactant-Induced Au Nanoparticle Assemblies for Reliable Solution-Based Surface-Enhanced Raman Scattering Detection

  • Garcia-Lojo, Daniel
  • Mendez-Merino, David
  • Perez-Juste, Ignacio
  • Acuna, Angel
  • Garcia-Rio, Luis
  • Rodriguez-Paton, Alfonso
  • Pastoriza-Santos, Isabel
  • Perez-Juste, Jorge;
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Advanced Materials Technologies - 1/1/2022

10.1002/admt.202101726 Ver en origen

  • ISSN 2365709X

Multi-TransDTI: Transformer for Drug–Target Interaction Prediction Based on Simple Universal Dictionaries with Multi-View Strategy

  • Wang G
  • Zhang X
  • Pan Z
  • Patón AR
  • Wang S
  • Song T
  • Gu Y
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Biomolecules - 1/1/2022

10.3390/biom12050644 Ver en origen

  • ISSN 2218273X

Este/a investigador/a no tiene libros.

An implementation of elementary arithmetic with virus machine

  • Xiaoshan Yan
  • Xiangrong Liu
  • Xiangxiang Zeng
  • Alfonso Rodríquez Patón

Lecture Notes In Computer Science (p. 304-317) - 1/1/2018

10.1007/978-3-030-00265-7_24 Ver en origen

  • ISSN 03029743

On Complexity Classes of Spiking Neural P Systems

  • Alfonso Rodríguez-Patón Aradas
  • Petr Sosík
  • Ludek Cienciala

Eighth Brainstorming Week On Membrane Computing (p. 267-282) - 1/1/2010

  • iMarina

Standardized Proofs of PSPACE-completeness of P Systems with Active Membranes

  • Petr Sosík
  • Alfonso Rodríguez-Patón Aradas
  • Lucie Ciencialová

Eighth Brainstorming Week On Membrane Computing (p. 301-310) - 1/1/2010

  • iMarina

Biomolecular computing devices in synthetic biology

  • Miró J
  • Rodríguez-Patón A

Advancing Artificial Intelligence Through Biological Process Applications (p. 250-267) - 1/12/2008

10.4018/978-1-59904-996-0.ch014 Ver en origen

Self-adapting intelligent neural systems using evolutionary techniques

  • Manrique D
  • Ríos J
  • Rodríguez-Patón A

Artificial Neural Networks In Real-Life Applications (p. 94-115) - 1/12/2005

10.4018/978-1-59140-902-1.ch005 Ver en origen

LncRNA-disease association prediction based on neighborhood information aggregation in neural network

  • Chen H
  • Wang X
  • Zhang X
  • Zeng X
  • Song T
  • Rodriguez-Paton A

Proceedings - 2018 Ieee International Conference On Bioinformatics And Biomedicine, Bibm 2018 (p. 175-178) - 21/1/2019

10.1109/bibm.2018.8621441 Ver en origen

  • ISSN 21561133

An auxin hormone - signaling factors oscillator regulates time-dependent branching in the Arabidopsis root

  • Marcos Rodriguez
  • Juan Perianez-Rodriguez
  • Juan Carlos del Pozo
  • Angela Saez
  • SANCHEZ CORRIONERO, ALVARO
  • BUSTILLO AVENDAÑO, ESTEFANO
  • MORENO RISUEÑO, MIGUEL ANGEL
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE
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Libro De Resumenes Del Xv Simposio De Fitohormonas De La Sociedad Española De Fisiología Vegetal (p. 28-28) - 13/12/2018

  • iMarina

Iteratively collective prediction of disease-gene associations through the incomplete network

  • Xiangyi Meng
  • Quan Zou
  • ZENG, XIANGXIANG
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE

Proceedings - 2017 Ieee International Conference On Bioinformatics And Biomedicine, Bibm 2017 (p. 1324-1330) - 15/12/2017

10.1109/bibm.2017.8217854 Ver en origen

Simulating multicell populations with an accelerated gro simulator

  • Gutierrez, Martin
  • Rodriguez-Paton, Alfonso;

Fourteenth European Conference On Artificial Life (Ecal 2017) (p. 186-187) - 1/1/2017

  • iMarina

BioBlocks :A web-based visual environment for programming experimental protocols in biological sciences

  • Jesus Irimia
  • Gupta, Vishal
  • PAU DE LA CRUZ, IVAN
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE

Proceedings Of The 8th International Workshop On Bio-Design Automation (p. 29-30) - 16/8/2016

  • iMarina

BactoSim - An Individual-Based Simulation Environment for Bacterial Conjugation

  • Prestes Garcia, Antonio
  • Rodriguez-Paton, Alfonso;

Bactosim ? An Individual-Based Simulation Environment For Bacterial Conjugation (p. 275-279) - 3/6/2015

10.1007/978-3-319-18944-4_26 Ver en origen

  • ISSN 03029743

A Preliminary Assessment of Three Strategies for the Agent-Based Modeling of Bacterial Conjugation

  • García A
  • Rodríguez-Patón A

A Preliminary Assessment Of Three Strategies For The Agent-Based Modeling Of Bacterial Conjugation (p. 1-9) - 19/5/2015

10.1007/978-3-319-19776-0_1 Ver en origen

  • ISSN 21945357

Probabilistic reasoning with an enzyme-driven DNA device

  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE

Lecture Notes In Computer Science (p. 160-173) - 2/12/2013

10.1007/978-3-319-01928-4_12 Ver en origen

  • ISSN 03029743

Distributed computing with prokaryotic immune systems

  • Murphy N
  • Rodríguez-Patón A

Lecture Notes In Computer Science (p. 286-288) - 24/9/2012

10.1007/978-3-642-33757-4_22 Ver en origen

  • ISSN 03029743

One-gene oscillators with a positive transcriptional feedback and a negative interaction

  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE

Engeneious Conference 2012 (p. 31-31) - 25/6/2012

  • iMarina

Este/a investigador/a no tiene documentos de trabajo.

Este/a investigador/a no tiene informes técnicos.

Placing the T3SS effector-network paradigm within a systems level understanding of in vivo infection

  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))

Ejecución: 02-05-2022 - 01-05-2027

Tipo: Internacional

  • iMarina

APLICACIÓN DE TÉCNICAS DE INTELIGENCIA ARTIFICIAL Y DE APRENDIZAJE AUTOMÁTICO PARA EL ANÁLISIS DE DATOS DE LA EMPRESA NEO SOLUCIONES INFORMÁTICAS SL

  • GARCIA CUESTA, ESTEBAN (Colaborador/a)
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))

Ejecución: 06-04-2022 - 24-07-2022

Tipo: Interno

  • iMarina

Ultrasensitive BIOsensing platform for multiplex CELLular protein PHEnotyping at single-cell level

  • LEON PRIETO, LUCIA (Participante)
  • MANRIQUE GAMO, DANIEL (Participante)
  • MÉNDEZ MERINO, DAVID (Participante)
  • BARREIRO SORRIVAS, JOSE MARIA (Participante)
  • González Martínez, Ángel Lucas (Participante)
  • Fuertes Castro, José Luis (Participante)
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))
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Ejecución: 01-04-2021 - 31-03-2025

Tipo: Internacional

Importe financiado: 303250,00 Euros.

  • iMarina

Hacia la Inteligencia Artificial in vivo: programación de fármacos multicelulares vivos inteligentes

  • MANRIQUE GAMO, DANIEL (Participante)
  • BARREIRO SORRIVAS, JOSE MARIA (Participante)
  • Mitrana, Victor (Participante)
  • LOPEZ-MAROTO QUIÑONES, ALVARO (Miembro del equipo de trabajo)
  • SONG, TAO (Miembro del equipo de trabajo)
  • MÉNDEZ MERINO, DAVID (Miembro del equipo de trabajo)
  • Zeng NA, Xiangxiang (Miembro del equipo de trabajo)
  • RODRIGUEZ REGUEIRA, MARCOS (Miembro del equipo de trabajo)
  • SONG, TAO (Participante)
  • NUÑEZ BERRUECO, ELENA (Miembro del equipo de trabajo)
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))
  • Fuertes Castro, José Luis (Participante)
  • PAUN, PAUL ANDREI (Participante)
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Ejecución: 01-06-2020 - 31-05-2023

Tipo: Nacional

Importe financiado: 87120,00 Euros.

  • iMarina

PROgramable living drugs engineering MIcrobial CELLS

  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))

Ejecución: 01-06-2019 - 31-05-2021

Tipo: Nacional

Importe financiado: 24700,00 Euros.

  • iMarina

LIA. Ingeniería microbiana, salud y calidad de vida.

  • MÉNDEZ MERINO, DAVID (Participante)
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))
  • SONG, TAO (Participante)
  • RODRIGUEZ REGUEIRA, MARCOS (Participante)
  • NUÑEZ BERRUECO, ELENA (Participante)
  • ZENG, XIANGXIANG (Participante)

Ejecución: 01-01-2018 - 30-06-2022

Tipo: Regional

Importe financiado: 29881,60 Euros.

  • iMarina

PROGRAMMABLE BIOLOGICAL MACHINES

  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))

Ejecución: 01-09-2017 - 31-12-2020

Tipo: Nacional

Importe financiado: 24642,00 Euros.

  • iMarina

Ingeniería de biocircuitos programables para computación analógica, multicelular y espacial

  • HECTOR NIETO, MARIA ELENA (Miembro del equipo de trabajo)
  • MARTINEZ CASTELLANO, EDUARDO (Miembro del equipo de trabajo)
  • RODRIGUEZ REGUEIRA, MARCOS (Miembro del equipo de trabajo)
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))
  • MANRIQUE GAMO, DANIEL (Participante)
  • PAUN, PAUL ANDREI (Participante)
  • BARREIRO SORRIVAS, JOSE MARIA (Participante)
  • GAGO GARCIA, ESTHER (Participante)
  • PAU DE LA CRUZ, IVAN (Participante)
  • MÉNDEZ MERINO, DAVID (Miembro del equipo de trabajo)
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Ejecución: 30-12-2016 - 29-12-2020

Tipo: Nacional

Importe financiado: 90387,00 Euros.

  • iMarina

EVOlutionary PROgrammable antiBIOTICS

  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))

Ejecución: 01-03-2014 - 28-02-2017

Tipo: Nacional

Importe financiado: 20862,00 Euros.

  • iMarina

Engineering multicellular biocircuits: programming cell-cell communication using plasmids as wires

  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))
  • BARREIRO SORRIVAS, JOSE MARIA (Participante)
  • Maojo García, Víctor Manuel (Participante)
  • PAU DE LA CRUZ, IVAN (Participante)
  • Sosik, Petr (Participante)
  • PAUN, PAUL ANDREI (Participante)
  • GREGORIO GODOY, PAULA (Participante)
  • Fuertes Castro, José Luis (Participante)
  • Molina González, Martín (Participante)
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Ejecución: 01-10-2013 - 30-09-2016

Tipo: Internacional

Importe financiado: 570600,00 Euros.

  • iMarina

Modelado computacional de la autoorganización espacial generada por circuitos genéticos multicelulares

  • Rodríguez-Patón Aradas, Alfonso (Director) Doctorando: Rodríguez Regueira, Marcos

1/1/2021

  • iMarina

Modelling bacterial ecological strategies using an individual-based simulator

  • Rodríguez-Patón Aradas, Alfonso (Director)
  • PAZOS SIERRA, Juan (Director) Doctorando: Gregorio Godoy, Paula

1/1/2018

  • iMarina

Conditional plasmid conjugation as wiring for multicellular biocircuits: individual-based modeling and simulation

  • Alfonso Rodríguez-Patón Aradas (Director) Doctorando: Guillermo Pérez del Pulgar Frowein

1/1/2017

  • iMarina

An end-to-end solution for automation of biological protocols

  • Alfonso Rodríguez-Patón Aradas (Director) Doctorando: Gupta, Vishal

1/1/2017

  • iMarina

Modeling and analyzing the kinetic of conjugative plasmids

  • Rodríguez-Patón Aradas, Alfonso (Director) Doctorando: Prestes García, Antonio

1/1/2017

  • iMarina

A new agent-based platform for simulating multicellular biocircuits with conjugative plasmids

  • Rodríguez-Patón Aradas, Alfonso (Director) Doctorando: Gutiérrez Pescarmona, Martín Eduardo

1/1/2017

  • iMarina

Computación celular con membranas: un estudio de modelos de cómputo bioinspirados

  • Rodríguez-Patón Aradas, Alfonso (Director) Doctorando: Pérez Pérez, David

1/1/2016

  • iMarina

Inference Models in DNA Computing

  • Alfonso Rodríguez-Patón Aradas (Director) Doctorando: Iñaki Sainz de Murieta Fuentes

1/1/2013

  • iMarina

Oscillatory genetic circuits: new designs and mathematical models

  • Alfonso Rodríguez-Patón Aradas (Director) Doctorando: Jesús María Miró Bueno

1/1/2012

  • iMarina

La Conciencia: Modelado de sus funciones cognitivas para entidades artificiales mediante redes neuronales modulares

  • Rodríguez-Patón Aradas, Alfonso (Director) Doctorando: MARTINEZ LUACES, Milton

1/1/2009

  • iMarina

Este/a investigador/a no tiene patentes o licencias de software.

Última actualización de los datos: 12/08/23 1:55