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Rodriguez-paton Aradas, Alfonso Vicente alfonso.rodriguez-paton@upm.es

INTELIGENCIA ARTIFICIAL / Universidad Politécnica de Madrid

Publications

DNMG: Deep molecular generative model by fusion of 3D information for de novo drug design

  • Song, T
  • Ren, YQ
  • Wang, S
  • Han, PF
  • Wang, LL
  • Li, X
  • Rodriguez-Paton, A
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Methods (p. 10-22) - 1/3/2023

10.1016/j.ymeth.2023.02.001 View at source

  • ISSN 10462023

BioBlocksLab: A portable DIY Bio Lab using BioBlocks language

  • Ma, TM
  • Méndez-Merino, D
  • Uría-Regojo, G
  • Sánchez-Fernández, C
  • Giner-Sánchez, L
  • Guerrero-Aspizua, S
  • Quílez-López, C
  • Rodríguez-Patón, A
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Methods (p. 36-43) - 1/2/2023

10.1016/j.ymeth.2023.01.001 View at source

  • ISSN 10462023

Will data analytics revolution finally bring SERS to the clinic?

  • Mahmoud, AYF
  • Teixeira, A
  • Aranda, M
  • Relvas, MS
  • Quintero, S
  • Sousa-Silva, M
  • Chícharo, A
  • Chen, MK
  • Hashemi, M
  • King, JB
  • Tunnell, JW
  • Morasso, C
  • Piccotti, F
  • Corsi, F
  • Henriksen-Lacey, M
  • Aberasturi, DJD
  • Méndez-Merino, D
  • Rodríguez-Patón, A
  • Abalde-Cela, S
  • Diéguez, L
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Trac-Trends In Analytical Chemistry - 1/12/2023

10.1016/j.trac.2023.117311 View at source

  • ISSN 01659936

PETrans: De Novo Drug Design with Protein-Specific Encoding Based on Transfer Learning

  • Wang, X
  • Gao, CN
  • Han, PF
  • Li, X
  • Chen, WQ
  • Patón, AR
  • Wang, S
  • Zheng, P
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International Journal Of Molecular Sciences - 1/1/2023

10.3390/ijms24021146 View at source

  • ISSN 14220067

MARPPI: boosting prediction of protein-protein interactions with multi-scale architecture residual network

  • Li, X
  • Han, PF
  • Chen, WQ
  • Gao, CN
  • Wang, S
  • Song, T
  • Niu, MY
  • Rodriguez-Paton, A
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Briefings In Bioinformatics - 1/1/2023

10.1093/bib/bbac524 View at source

  • ISSN 14675463

Molormer: a lightweight self-attention-based method focused on spatial structure of molecular graph for drug-drug interactions prediction

  • Zhang X
  • Wang G
  • Meng X
  • Wang S
  • Zhang Y
  • Rodriguez-Paton A
  • Wang J
  • Wang X
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Briefings In Bioinformatics - 19/7/2022

10.1093/bib/bbac296 View at source

  • ISSN 14675463

KG-DTI: a knowledge graph based deep learning method for drug-target interaction predictions and Alzheimer's disease drug repositions

  • Wang, Shudong
  • Du, Zhenzhen
  • Ding, Mao
  • Rodriguez-Paton, Alfonso
  • Song, Tao;

Applied Intelligence (p. 846-857) - 1/1/2022

10.1007/s10489-021-02454-8 View at source

  • ISSN 0924669X

Network-Based Approaches for Drug Repositioning

  • Song, T
  • Wang, G
  • Ding, M
  • Rodriguez-Paton, A
  • Wang, X
  • Wang, SD

Molecular Informatics - 1/1/2022

10.1002/minf.202100200 View at source

  • ISSN 18681743

AMDE: a novel attention-mechanism-based multidimensional feature encoder for drug-drug interaction prediction

  • Pang S
  • Zhang Y
  • Song T
  • Zhang X
  • Wang X
  • Rodriguez-Patón A

Briefings In Bioinformatics - 1/1/2022

10.1093/bib/bbab545 View at source

  • ISSN 14675463

DeepFusion: A deep learning based multi-scale feature fusion method for predicting drug-target interactions

  • Song T
  • Zhang X
  • Ding M
  • Rodriguez-Paton A
  • Wang S
  • Wang G

Methods (p. 269-277) - 1/1/2022

10.1016/j.ymeth.2022.02.007 View at source

  • ISSN 10462023

This researcher has no books.

An implementation of elementary arithmetic with virus machine

  • Xiaoshan Yan
  • Xiangrong Liu
  • Xiangxiang Zeng
  • Alfonso Rodríquez Patón

Lecture Notes In Computer Science (p. 304-317) - 1/1/2018

10.1007/978-3-030-00265-7_24 View at source

  • ISSN 03029743

On Complexity Classes of Spiking Neural P Systems

  • Alfonso Rodríguez-Patón Aradas
  • Petr Sosík
  • Ludek Cienciala

Eighth Brainstorming Week On Membrane Computing (p. 267-282) - 1/1/2010

  • iMarina

Standardized Proofs of PSPACE-completeness of P Systems with Active Membranes

  • Petr Sosík
  • Alfonso Rodríguez-Patón Aradas
  • Lucie Ciencialová

Eighth Brainstorming Week On Membrane Computing (p. 301-310) - 1/1/2010

  • iMarina

Biomolecular computing devices in synthetic biology

  • Miró J
  • Rodríguez-Patón A

Advancing Artificial Intelligence Through Biological Process Applications (p. 250-267) - 1/12/2008

10.4018/978-1-59904-996-0.ch014 View at source

Self-adapting intelligent neural systems using evolutionary techniques

  • Manrique D
  • Ríos J
  • Rodríguez-Patón A

Artificial Neural Networks In Real-Life Applications (p. 94-115) - 1/12/2005

10.4018/978-1-59140-902-1.ch005 View at source

LDCNN-DTI: A Novel Light Deep Convolutional Neural Network for Drug-Target Interaction Predictions

  • Wang, Shudong
  • Du, Zhenzhen
  • Ding, Mao
  • Zhao, Renteng
  • Rodriguez-Paton, Alfonso
  • Song, Tao

2007 Ieee International Conference On Bioinformatics And Biomedicine, Proceedings (p. 1132-1136) - 1/1/2020

10.1109/bibm49941.2020.9313585 View at source

  • ISSN 21561125

LncRNA-disease association prediction based on neighborhood information aggregation in neural network

  • Chen H
  • Wang X
  • Zhang X
  • Zeng X
  • Song T
  • Rodriguez-Paton A

Proceedings - 2018 Ieee International Conference On Bioinformatics And Biomedicine, Bibm 2018 (p. 175-178) - 21/1/2019

10.1109/bibm.2018.8621441 View at source

  • ISSN 21561133

An auxin hormone - signaling factors oscillator regulates time-dependent branching in the Arabidopsis root

  • Marcos Rodriguez
  • Juan Perianez-Rodriguez
  • Juan Carlos del Pozo
  • Angela Saez
  • SANCHEZ CORRIONERO, ALVARO
  • BUSTILLO AVENDAÑO, ESTEFANO
  • MORENO RISUEÑO, MIGUEL ANGEL
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE
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Libro De Resumenes Del Xv Simposio De Fitohormonas De La Sociedad Española De Fisiología Vegetal (p. 28-28) - 13/12/2018

  • iMarina

Iteratively collective prediction of disease-gene associations through the incomplete network

  • Meng, Xiangyi
  • Zou, Quan
  • Rodriguez-Paton, Alfonso
  • Zeng, Xiangxiang;

Proceedings - 2017 Ieee International Conference On Bioinformatics And Biomedicine, Bibm 2017 (p. 1324-1330) - 15/12/2017

10.1109/bibm.2017.8217854 View at source

Simulating multicell populations with an accelerated gro simulator

  • Gutierrez, Martin
  • Rodriguez-Paton, Alfonso;

Fourteenth European Conference On Artificial Life (Ecal 2017) (p. 186-187) - 1/1/2017

  • iMarina

Simulating multicell populations with an accelerated gro simulator

  • Gutiérrez M
  • Rodríguez-Patón A

Proceedings Of The 14th European Conference On Artificial Life, Ecal 2017 (p. 186-187) - 1/1/2017

  • iMarina

BioBlocks :A web-based visual environment for programming experimental protocols in biological sciences

  • Jesus Irimia
  • Gupta, Vishal
  • PAU DE LA CRUZ, IVAN
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE

Proceedings Of The 8th International Workshop On Bio-Design Automation (p. 29-30) - 16/8/2016

  • iMarina

BactoSim - An Individual-Based Simulation Environment for Bacterial Conjugation

  • Prestes Garcia, Antonio
  • Rodriguez-Paton, Alfonso;

Bactosim ? An Individual-Based Simulation Environment For Bacterial Conjugation (p. 275-279) - 3/6/2015

10.1007/978-3-319-18944-4_26 View at source

  • ISSN 03029743

A Preliminary Assessment of Three Strategies for the Agent-Based Modeling of Bacterial Conjugation

  • García A
  • Rodríguez-Patón A

A Preliminary Assessment Of Three Strategies For The Agent-Based Modeling Of Bacterial Conjugation (p. 1-9) - 19/5/2015

10.1007/978-3-319-19776-0_1 View at source

  • ISSN 21945357

Probabilistic reasoning with an enzyme-driven DNA device

  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE

Lecture Notes In Computer Science (p. 160-173) - 2/12/2013

10.1007/978-3-319-01928-4_12 View at source

  • ISSN 03029743

This researcher has no working papers.

This researcher has no technical reports.

Descifrando las infecciones bacterianas con técnicas de inteligencia artificial e ingeniería de biocircuitos

  • LOPEZ-MAROTO QUIÑONES, ALVARO (Miembro del equipo de trabajo)
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))
  • NUÑEZ BERRUECO, ELENA (Miembro del equipo de trabajo)
  • Mitrana, Victor (Participante)
  • SONG, TAO (Miembro del equipo de trabajo)
  • BARREIRO SORRIVAS, JOSE MARIA (Participante)
  • LEON PRIETO, LUCIA (Miembro del equipo de trabajo)
  • MANRIQUE GAMO, DANIEL (Participante)
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Period: 01-09-2023 - 31-08-2026

Type of funding: National

  • iMarina

Interacción longitudinal de datos generados por paciente y determinaciones multi-ómicas para una oncología de precisión integral en cáncer de la mujer

  • MÉNDEZ MERINO, DAVID (Miembro del equipo de trabajo)
  • NUÑEZ BERRUECO, ELENA (Miembro del equipo de trabajo)
  • LOPEZ-MAROTO QUIÑONES, ALVARO (Miembro del equipo de trabajo)
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))

Period: 01-01-2023 - 31-12-2025

Type of funding: National

Amount of funding: 132000,00 Euros.

  • iMarina

Placing the T3SS effector-network paradigm within a systems level understanding of in vivo infection

  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))

Period: 02-05-2022 - 01-05-2027

Type of funding: International

  • iMarina

APLICACIÓN DE TÉCNICAS DE INTELIGENCIA ARTIFICIAL Y DE APRENDIZAJE AUTOMÁTICO PARA EL ANÁLISIS DE DATOS DE LA EMPRESA NEO SOLUCIONES INFORMÁTICAS SL

  • GARCIA CUESTA, ESTEBAN (Colaborador/a)
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))

Period: 06-04-2022 - 24-07-2022

Type of funding: Internal

  • iMarina

Ultrasensitive BIOsensing platform for multiplex CELLular protein PHEnotyping at single-cell level

  • MANRIQUE GAMO, DANIEL (Participante)
  • MÉNDEZ MERINO, DAVID (Participante)
  • BARREIRO SORRIVAS, JOSE MARIA (Participante)
  • González Martínez, Ángel Lucas (Participante)
  • Fuertes Castro, José Luis (Participante)
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))
  • LEON PRIETO, LUCIA (Participante)
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Period: 01-04-2021 - 31-03-2025

Type of funding: International

Amount of funding: 303250,00 Euros.

  • iMarina

Hacia la Inteligencia Artificial in vivo: programación de fármacos multicelulares vivos inteligentes

  • LOPEZ-MAROTO QUIÑONES, ALVARO (Miembro del equipo de trabajo)
  • SONG, TAO (Miembro del equipo de trabajo)
  • MÉNDEZ MERINO, DAVID (Miembro del equipo de trabajo)
  • Zeng NA, Xiangxiang (Miembro del equipo de trabajo)
  • RODRIGUEZ REGUEIRA, MARCOS (Miembro del equipo de trabajo)
  • SONG, TAO (Participante)
  • NUÑEZ BERRUECO, ELENA (Miembro del equipo de trabajo)
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))
  • Fuertes Castro, José Luis (Participante)
  • PAUN, PAUL ANDREI (Participante)
  • MANRIQUE GAMO, DANIEL (Participante)
  • BARREIRO SORRIVAS, JOSE MARIA (Participante)
  • Mitrana, Victor (Participante)
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Period: 01-06-2020 - 31-05-2023

Type of funding: National

Amount of funding: 87120,00 Euros.

  • iMarina

PROgramable living drugs engineering MIcrobial CELLS

  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))

Period: 01-06-2019 - 31-05-2021

Type of funding: National

Amount of funding: 24700,00 Euros.

  • iMarina

LIA. Ingeniería microbiana, salud y calidad de vida.

  • MÉNDEZ MERINO, DAVID (Participante)
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))
  • SONG, TAO (Participante)
  • RODRIGUEZ REGUEIRA, MARCOS (Participante)
  • NUÑEZ BERRUECO, ELENA (Participante)
  • ZENG, XIANGXIANG (Participante)

Period: 01-01-2018 - 30-06-2022

Type of funding: Regional

Amount of funding: 29881,60 Euros.

  • iMarina

PROGRAMMABLE BIOLOGICAL MACHINES

  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))

Period: 01-09-2017 - 31-12-2020

Type of funding: National

Amount of funding: 24642,00 Euros.

  • iMarina

Ingeniería de biocircuitos programables para computación analógica, multicelular y espacial

  • MÉNDEZ MERINO, DAVID (Miembro del equipo de trabajo)
  • HECTOR NIETO, MARIA ELENA (Miembro del equipo de trabajo)
  • MARTINEZ CASTELLANO, EDUARDO (Miembro del equipo de trabajo)
  • RODRIGUEZ REGUEIRA, MARCOS (Miembro del equipo de trabajo)
  • RODRIGUEZ-PATON ARADAS, ALFONSO VICENTE (Investigador principal (IP))
  • MANRIQUE GAMO, DANIEL (Participante)
  • PAUN, PAUL ANDREI (Participante)
  • BARREIRO SORRIVAS, JOSE MARIA (Participante)
  • GAGO GARCIA, ESTHER (Participante)
  • PAU DE LA CRUZ, IVAN (Participante)
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Period: 30-12-2016 - 29-12-2020

Type of funding: National

Amount of funding: 90387,00 Euros.

  • iMarina

Programming biology with bioblocks in an open portable bio lab

  • Rodríguez-Patón Aradas, Alfonso (Director) Doctorando: Ma, Tongmao

30/1/2024

  • iMarina

Modelado computacional de la autoorganización espacial generada por circuitos genéticos multicelulares

  • Rodríguez-Patón Aradas, Alfonso (Director) Doctorando: Rodríguez Regueira, Marcos

1/1/2021

  • iMarina

Modelling bacterial ecological strategies using an individual-based simulator

  • Rodríguez-Patón Aradas, Alfonso (Director)
  • PAZOS SIERRA, Juan (Director) Doctorando: Gregorio Godoy, Paula

1/1/2018

  • iMarina

Conditional plasmid conjugation as wiring for multicellular biocircuits: individual-based modeling and simulation

  • Alfonso Rodríguez-Patón Aradas (Director) Doctorando: Guillermo Pérez del Pulgar Frowein

1/1/2017

  • iMarina

An end-to-end solution for automation of biological protocols

  • Alfonso Rodríguez-Patón Aradas (Director) Doctorando: Gupta, Vishal

1/1/2017

  • iMarina

Modeling and analyzing the kinetic of conjugative plasmids

  • Rodríguez-Patón Aradas, Alfonso (Director) Doctorando: Prestes García, Antonio

1/1/2017

  • iMarina

A new agent-based platform for simulating multicellular biocircuits with conjugative plasmids

  • Rodríguez-Patón Aradas, Alfonso (Director) Doctorando: Gutiérrez Pescarmona, Martín Eduardo

1/1/2017

  • iMarina

Computación celular con membranas: un estudio de modelos de cómputo bioinspirados

  • Rodríguez-Patón Aradas, Alfonso (Director) Doctorando: Pérez Pérez, David

1/1/2016

  • iMarina

Inference Models in DNA Computing

  • Alfonso Rodríguez-Patón Aradas (Director) Doctorando: Iñaki Sainz de Murieta Fuentes

1/1/2013

  • iMarina

Oscillatory genetic circuits: new designs and mathematical models

  • Alfonso Rodríguez-Patón Aradas (Director) Doctorando: Jesús María Miró Bueno

1/1/2012

  • iMarina

This researcher has no patents or software licenses.

Last data update: 9/9/24 2:36 PM