Wilkinson, Mark Denis mark.wilkinson@upm.es

Actividades

Privacy-Preserving Linkage of Distributed Pseudonymised Datasets in a Virtual European Rare Disease Platform.

  • Hayn D
  • Sandner E
  • Vengadeswaran A
  • Tãtaru EA
  • Wilkinson M
  • Hanauer M
  • Kreiner K
  • Schreier G
... Ver más Contraer

Caring Is Sharing-Exploiting The Value In Data For Health And Innovation-Proceedings Of Mie 2023 (p. 1442-1446) - 22/8/2024

10.3233/shti240683

  • ISSN 09269630
  • iMarina

Brassica rapa CURLY LEAF is a major H3K27 methyltransferase regulating flowering time

  • Poza-Viejo, Laura
  • Paya-Milans, Miriam
  • Wilkinson, Mark D
  • Pineiro, Manuel
  • Jarillo, Jose A
  • Crevillen, Pedro

Planta - 1/7/2024

10.1007/s00425-024-04454-7 Ver en origen

  • ISSN 00320935

Building Expertise on FAIR Through Evolving Bring Your Own Data (BYOD) Workshops: Describing the Data, Software, and Management-focused Approaches and Their Evolution

  • Bernabe, Cesar H
  • Thielemans, Lieze
  • Kaliyaperumal, Rajaram
  • Carta, Claudio
  • Zhang, Shuxin
  • van Gelder, Celia W G
  • Benis, Nirupama
  • Santos, Luiz Olavo Bonino da Silva
  • Cornet, Ronald
  • Vieira, Bruna dos Santos
  • Lalout, Nawel
  • Henriques, Ines
  • Ballesteros, Alberto Camara
  • Burger, Kees
  • Kersloot, Martijn G
  • Ehrhart, Friederike
  • van Enckevort, Esther
  • Evelo, Chris T
  • Gray, Alasdair J G
  • Hanauer, Marc
  • Hettne, Kristina
  • de Ligt, Joep
  • Pereira, Arnaldo
  • Queralt-Rosinach, Nuria
  • Schultes, Erik
  • Taruscio, Domenica
  • Waagmeester, Andra
  • Wilkinson, Mark D
  • Willighagen, Egon L
  • Jansen, Mascha
  • Mons, Barend
  • Roos, Marco
  • Jacobsen, Annika
... Ver más Contraer

Data Intelligence (p. 429-456) - 1/5/2024

10.1162/dint_a_00236 Ver en origen

  • ISSN 2641435X

FAIR Header Reference genome: a TRUSTworthy standard

  • Wright, A
  • Wilkinson, MD
  • Mungall, C
  • Cain, S
  • Richards, S
  • Sternberg, P
  • Provin, E
  • Jacobs, JL
  • Geib, S
  • Raciti, D
  • Yook, K
  • Stein, L
  • Molik, DC
... Ver más Contraer

Briefings In Bioinformatics - 27/3/2024

10.1093/bib/bbae122 Ver en origen

  • ISSN 14675463

EURO-NMD registry: federated FAIR infrastructure, innovative technologies and concepts of a patient-centred registry for rare neuromuscular disorders

  • Atalaia, A
  • Wandrei, D
  • Lalout, N
  • Thompson, R
  • Tassoni, A
  • 't Hoen, PAC
  • Athanasiou, D
  • Baker, SA
  • Sakellariou, P
  • Paliouras, G
  • D'Angelo, C
  • Horvath, R
  • Mancuso, M
  • van der Beek, N
  • Kornblum, C
  • Kirschner, J
  • Pareyson, D
  • Bassez, G
  • Blacas, L
  • Jacoupy, M
  • Eng, C
  • Lamy, F
  • Plançon, JP
  • Haberlova, J
  • Brusse, E
  • Hoeijmakers, JGJ
  • de Visser, M
  • Claeys, KG
  • Paradas, C
  • Toscano, A
  • Silani, V
  • Gyenge, M
  • Reviers, E
  • Hamroun, D
  • Vroom, E
  • Wilkinson, MD
  • Lochmuller, H
  • Evangelista, T
... Ver más Contraer

Orphanet Journal Of Rare Diseases - 14/2/2024

10.1186/s13023-024-03059-3 Ver en origen

  • ISSN 17501172

Testing the stress gradient hypothesis in soil bacterial communities associated with vegetation belts in the Andean Atacama Desert

  • Mandakovic, D
  • Aguado-Norese, C
  • Garcia-Jiménez, B
  • Hodar, C
  • Maldonado, JE
  • Gaete, A
  • Latorre, M
  • Wilkinson, MD
  • Gutiérrez, RA
  • Cavieres, LA
  • Medina, J
  • Cambiazo, V
  • Gonzalez, M
... Ver más Contraer

Environmental Microbiomes - 28/3/2023

10.1186/s40793-023-00486-w Ver en origen

  • ISSN 25246372

The FAIR Data Point: Interfaces and Tooling

  • Benhamed, OM
  • Burger, K
  • Kaliyaperumal, R
  • Santos, LOBD
  • Suchanek, M
  • Slifka, J
  • Wilkinson, MD
... Ver más Contraer

Data Intelligence (p. 184-201) - 8/3/2023

10.1162/dint_a_00161 Ver en origen

  • ISSN 2641435X

FAIR Data Point: A FAIR-Oriented Approach for Metadata Publication

  • Santos, LOBD
  • Burger, K
  • Kaliyaperumal, R
  • Wilkinson, MD

Data Intelligence (p. 163-183) - 8/3/2023

10.1162/dint_a_00160 Ver en origen

  • ISSN 2641435X

DATA RESOURCES AND ANALYSES FAIR Header Reference genome: A TRUSTworthy standard.

  • Wright A
  • Wilkinson MD
  • Mungall C
  • Cain S
  • Richards S
  • Sternberg P
  • Provin E
  • Jacobs JL
  • Geib S
  • Raciti D
  • Yook K
  • Stein L
  • Molik DC
... Ver más Contraer

20/12/2023

10.1101/2023.11.29.569306

  • iMarina

Community-driven governance of FAIRness assessment: an open issue, an open discussion

  • Mark D. Wilkinson
  • Susanna‐Assunta Sansone
  • Eva Méndez
  • Romain David
  • Richard Dennis
  • David Hecker
  • Mari Kleemola
  • Carlo Lacagnina
  • Anastasija Nikiforova
  • Leyla Jael Castro
... Ver más Contraer

Open Research Europe (p. 146-146) - 1/1/2023

10.12688/openreseurope.15364.2 Ver en origen

  • ISSN 27325121

Este/a investigador/a no tiene libros.

Bioinformatics tools for next-generation RNA sequencing analysis

  • Marconi M
  • Rodriguez-Romero J
  • Sesma A
  • Wilkinson M

Fungal Rna Biology (p. 371-391) - 1/3/2014

10.1007/978-3-319-05687-6_15 Ver en origen

Surveyed common data access policies preferences amongst European Reference Networks

  • Cámara A
  • Benis N
  • Bernabé CH
  • Coelho IDO
  • Le Cornec CMA
  • Demir A
  • Vieira BDS
  • Ramírez JA
  • van der Velde KJ
  • Zhang S
  • Cornet R
  • Jacobsen A
  • Roos M
  • Schaefer F
  • Swertz MA
  • Wilkinson MD
... Ver más Contraer

Ceur Workshop Proceedings (p. 107-111) - 1/1/2023

  • ISSN 16130073
  • iMarina

Reuse of Design Pattern Measurements for Health Data

  • Queralt-Rosinach N
  • Wilkinson M
  • Kaliyaperumal R
  • Bernabé CH
  • Long Q
  • Dumontier M
  • Schofield PN
  • Roos M
... Ver más Contraer

Ceur Workshop Proceedings - 11/9/2021

10.17863/cam.77969 Ver en origen

  • ISSN 16130073

Modeling recovery of Crohn's disease, by simulating microbial community dynamics under perturbations

  • Jorge Carrasco
  • WILKINSON, MARK DENIS
  • Garcia Jimenez, Beatriz

Ismb-Eccb 2019 (p. 36-36) - 21/7/2019

10.13140/rg.2.2.33350.63049 Ver en origen

Condensed Microbiome representation using Transfer and Deep Learning to Promote Microbial Composition Prediction

  • Sara Cabello
  • WILKINSON, MARK DENIS
  • Garcia Jimenez, Beatriz

Advances Incomputational Biology fostering Collaborationamong Women Scientists book Of Abstracts (p. 78-78) - 28/11/2019

  • iMarina

Unraveling Certainty in Bio-Scholarly Statements

  • WILKINSON, MARK DENIS
  • PRIETO GODOY, MARIO

0000-0000 (p. 112-112) - 14/11/2018

  • iMarina

Boosting genotype-phenotype and translational research on rare diseases by establishing Findable, Accessible, Interoperable and Reusable (FAIR) data resources through data linking technologies.

  • WILKINSON, MARK DENIS

Http://Www.Abstractsonline.Com/Plan/Viewabstract.Aspx?Skey=d9a7502e-A4d5-4bde-8329-8e609d95cd6f&ckey=1f9e2b9b-3380-44c6-928d-03e1a9914236&mkey=%7b15a3630e-7769-4d64-A80a-47f190ac2f4f%7d (p. 0-0) - 27/5/2017

  • iMarina

Bring Your Own Data workshop is an excellent tool to promote the establishment of Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable rare disease registries

  • WILKINSON, MARK DENIS

Http://Www.Abstractsonline.Com/Plan/Viewabstract.Aspx?Skey=23903b09-5750-4359-Ad3a-157d48dc9c04&ckey=2e3c9531-7a52-437d-Aff1-Fb6a8dcead6b&mkey=%7b15a3630e-7769-4d64-A80a-47f190ac2f4f%7d (p. 0-0) - 27/5/2017

  • iMarina

Boosting genotype-phenotype and translational research on rare diseases by establishing Findable, Accessible, Interoperable and Reusable data resources through data linking technologies

  • WILKINSON, MARK DENIS

Session P4: Elixir: Data Interoperability & Disease (p. 0-0) - 4/4/2017

  • iMarina

Boosting health care and life science research on rare diseases by creating a robust infrastructure of independently Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable (FAIR) biobanks, registries, and molecular data resources

  • WILKINSON, MARK DENIS

Http://Irdirc-Conference.Org/Wp-Content/Uploads/2017/02/Irdirc-2017_Conference-Book_Final.Pdf (p. 28-28) - 8/2/2017

  • iMarina

The FAIRification of Data and the Potential of FAIR Resources Demonstrated, in Practice, at the Rome Bring Your Own Data Workshop

  • Carta C
  • Roos M
  • Jacobsen A
  • Kaliyaperumal R
  • Thompson M
  • Wilkinson M
  • Cornet R
  • Waagmeester A
  • Van Enckevort D
  • Jansen M
  • Licata L
  • Via A
  • Taruscio D
... Ver más Contraer

Ceur Workshop Proceedings (p. 0-0) - 4/12/2017

  • ISSN 16130073
  • iMarina

FAIR Principles for Research Software (FAIR4RS Principles)

  • Chue Hong, Neil P.
  • Katz, Daniel S.
  • Barker, Michelle
  • Lamprecht, Anna-Lena
  • Martinez, Carlos
  • Psomopoulos, Fotis E.
  • Harrow, Jen
  • Castro, Leyla Jael
  • Gruenpeter, Morane
  • Martinez, Paula Andrea
  • Honeyman, Tom
  • Struck, Alexander
  • Lee, Allen
  • Loewe, Axel
  • van Werkhoven, Ben
  • Jones, Catherine
  • Garijo, Daniel
  • Plomp, Esther
  • Genova, Francoise
  • Shanahan, Hugh
  • Leng, Joanna
  • Hellström, Maggie
  • Sandström, Malin
  • Sinha, Manodeep
  • Kuzak, Mateusz
  • Herterich, Patricia
  • Zhang, Qian
  • Islam, Sharif
  • Sansone, Susanna-Assunta
  • Pollard, Tom
  • Atmojo, Udayanto Dwi
  • Williams, Alan
  • Czerniak, Andreas
  • Niehues, Anna
  • Fouilloux, Anne Claire
  • Desinghu, Bala
  • Goble, Carole
  • Richard, Céline
  • Gray, Charles
  • Erdmann, Chris
  • Nüst, Daniel
  • Tartarini, Daniele
  • Ranguelova, Elena
  • Anzt, Hartwig
  • Todorov, Ilian
  • McNally, James
  • Moldon, Javier
  • Burnett, Jessica
  • Garrido-Sánchez, Julián
  • Belhajjame, Khalid
  • Sesink, Laurents
  • Hwang, Lorraine
  • Tovani-Palone, Marcos Roberto
  • Wilkinson, Mark D.
  • Servillat, Mathieu
  • Liffers, Matthias
  • Fox, Merc
  • Miljković, Nadica
  • Lynch, Nick
  • Martinez Lavanchy, Paula
  • Gesing, Sandra
  • Stevens, Sarah
  • Martinez Cuesta, Sergio
  • Peroni, Silvio
  • Soiland-Reyes, Stian
  • Bakker, Tom
  • Rabemanantsoa, Tovo
  • Sochat, Vanessa
  • Yehudi, Yo
  • RDA FAIR4RS WG
... Ver más Contraer

24/5/2022

10.15497/rda00068 Ver en origen

Este/a investigador/a no tiene informes técnicos.

Open Science Plan-Track-Assess Pathways

  • ALARCON MORENO, PABLO (Participante)
  • Corcho García, Oscar (Investigador principal (IP))
  • WILKINSON, MARK DENIS (Investigador principal (IP))

Ejecución: 01-02-2024 - 31-01-2027

Tipo: Internacional

Importe financiado: 349375,00 Euros.

  • iMarina

PAPEL DE LAS INFECCIONES MÚLTIPLES EN EL RIESGO DE INFECCIÓN DE PLANTAS POR VIRUS

  • ALARCON MORENO, PABLO (Miembro del equipo de trabajo)
  • CAMARA BALLESTEROS, ALBERTO (Miembro del equipo de trabajo)
  • BABALOLA, BISOLA MERCY (Miembro del equipo de trabajo)
  • DE ANDRES TORAN, RAFAEL (Miembro del equipo de trabajo)
  • ZAMFIR VELEA, ADRIAN DANUT (Miembro del equipo de trabajo)
  • WILKINSON, MARK DENIS (Investigador principal (IP))
  • GARCIA-ARENAL RODRIGUEZ, FERNANDO (Investigador principal (IP))
... Ver más Contraer

Ejecución: 01-09-2022 - 31-08-2025

Tipo: Nacional

  • iMarina

FAIRificación", conexión y reutilización integrada de recursos fitogenéticos conservados ex-situ

  • ALARCON MORENO, PABLO (Miembro del equipo de trabajo)
  • CAMARA BALLESTEROS, ALBERTO (Miembro del equipo de trabajo)
  • MORENO VAZQUEZ, SANTIAGO (Investigador principal (IP))
  • WILKINSON, MARK DENIS (Investigador principal (IP))

Ejecución: 01-12-2022 - 30-11-2024

Tipo: Nacional

Importe financiado: 122705,00 Euros.

  • iMarina

Acreditación Centros de Excelencia Severo Ochoa

  • DUNGER, RICARDO GERMAN (Miembro del equipo de trabajo)
  • DE FRANCESCO, AGUSTINA (Miembro del equipo de trabajo)
  • POLLMANN, STEPHAN (Miembro del equipo de trabajo)
  • FORTUNY CECCONI, AGUSTINA PAULA (Miembro del equipo de trabajo)
  • MORENO RISUEÑO, MIGUEL ANGEL (Miembro del equipo de trabajo)
  • TOME AMAT, JAIME MARIA (Miembro del equipo de trabajo)
  • SÁNCHEZ VALLET, ANDREA (Miembro del equipo de trabajo)
  • RICO MOLINS, JUAN (Miembro del equipo de trabajo)
  • JORDA MIRO, LUCIA (Miembro del equipo de trabajo)
  • PEREZ CANTALAPIEDRA, CARLOS (Miembro del equipo de trabajo)
  • LOPEZ SOLANILLA, EMILIA ANTONIA (Miembro del equipo de trabajo)
  • Toribio Lopez, Francisco Rene (Miembro del equipo de trabajo)
  • MEDINA ALCAZAR, JOAQUIN (Miembro del equipo de trabajo)
  • SANTAMARIA HERNANDO, SARAY (Miembro del equipo de trabajo)
  • SANTAMARIA FERNANDEZ, MARIA ESTRELLA (Miembro del equipo de trabajo)
  • RAHO HOURCADES, NICOLAS (Miembro del equipo de trabajo)
  • PERALES, MARIANO MANUEL (Miembro del equipo de trabajo)
  • CARRASCO LOPEZ, PETERSON CRISTIAN (Miembro del equipo de trabajo)
  • TOMAZ SANTOS BOTELHO, JOAO FRANCISCO (Miembro del equipo de trabajo)
  • SEYLLER ALVARADO, AARON (Miembro del equipo de trabajo)
  • WILKINSON, MARK DENIS (Miembro del equipo de trabajo)
  • Wabnik, Anna Barbara (Miembro del equipo de trabajo)
  • IGLESIAS FERNANDEZ, RAQUEL (Miembro del equipo de trabajo)
  • MOLINA FERNANDEZ, ANTONIO (Miembro del equipo de trabajo)
  • RUBIO HERRERO, LUIS MANUEL (Miembro del equipo de trabajo)
  • ARMAS, ALEJANDRO MANUEL (Miembro del equipo de trabajo)
  • IMPERIAL RÓDENAS, JUAN (Miembro del equipo de trabajo)
  • Perez Alonso, Marta Marina (Miembro del equipo de trabajo)
  • ARMAS ALVAREZ, ALEJANDRO MANUEL (Miembro del equipo de trabajo)
  • HOANG VAN, CUONG (Miembro del equipo de trabajo)
  • DEL POZO BENITO, JUAN CARLOS (Miembro del equipo de trabajo)
  • MONTOLIU NERIN, MERCE (Miembro del equipo de trabajo)
  • Castellano Moreno, Mar (Miembro del equipo de trabajo)
  • PATEL, MANISH KUMAR (Miembro del equipo de trabajo)
  • Diaz Perales, Araceli (Miembro del equipo de trabajo)
  • DE, AISHEE (Miembro del equipo de trabajo)
  • WABNIK, KRZYSZTOF (Miembro del equipo de trabajo)
  • COUCE IGLESIAS, ALEJANDRO (Miembro del equipo de trabajo)
  • ABELENDA VILA, JOSE ANTONIO (Miembro del equipo de trabajo)
  • CARO BERNAT, ELENA (Miembro del equipo de trabajo)
  • CUTUGNO, LAURA (Miembro del equipo de trabajo)
  • PONZ ASCASO, FERNANDO (Miembro del equipo de trabajo)
  • LOPEZ GARCIA, ADRIAN (Miembro del equipo de trabajo)
  • VICENTE CARBAJOSA, JESUS (Miembro del equipo de trabajo)
  • SACRISTAN BENAYAS, SOLEDAD (Miembro del equipo de trabajo)
  • PALACIOS ALBERTI, JOSE MANUEL (Miembro del equipo de trabajo)
  • PAGAN MUÑOZ, JESUS ISRAEL (Miembro del equipo de trabajo)
  • GARRIDO ARANDIA, MARIA (Miembro del equipo de trabajo)
  • GONZALEZ GUERRERO, MANUEL (Miembro del equipo de trabajo)
  • ECHAVARRI ERASUN, CARLOS (Miembro del equipo de trabajo)
... Ver más Contraer

Ejecución: 01-01-2022 - 31-12-2025

Tipo: Nacional

  • iMarina

COLABORACIÓN EN LA IMPLEMENTACIÓN DE TECHNOLOGÍAS FAIR, INCLUSIVO UNA PLATAFORMA PILOTO DE FAIR EN EL CENTRO CBGP

  • WILKINSON, MARK DENIS (Investigador principal (IP))

Ejecución: 02-01-2020 - 01-01-2021

Tipo: Interno

  • iMarina

PERFORM TRAINING MODULES ON FAIR DATA STEWARDSHIP COUSES BY PHORTOS

  • WILKINSON, MARK DENIS (Investigador principal (IP))

Ejecución: 25-05-2019 - 25-06-2019

Tipo: Interno

  • iMarina

PERFORM TRAINING MODULES ON FAIR DATA STEWARDSHIP COURSES OFFERED BY PHORTOS

  • WILKINSON, MARK DENIS (Investigador principal (IP))

Ejecución: 08-10-2019 - 08-11-2019

Tipo: Interno

  • iMarina

European Joint Programme on Rare Diseases

  • BENHAMED, OUSSAMA MOHAMMED (Participante)
  • CAMARA BALLESTEROS, ALBERTO (Participante)
  • ALARCON MORENO, PABLO (Participante)
  • PRIETO GODOY, MARIO (Participante)
  • WILKINSON, MARK DENIS (Investigador principal (IP))

Ejecución: 01-01-2019 - 31-08-2024

Tipo: Internacional

Importe financiado: 341571,13 Euros.

  • iMarina

Aclaración de los mecanismos moleculares conectando el nudo AMI1 con el equilibrio entre crecimiento y defensa

  • ORTIZ GARCIA, PALOMA (Miembro del equipo de trabajo)
  • Perez Alonso, Marta Marina (Miembro del equipo de trabajo)
  • WILKINSON, MARK DENIS (Investigador principal (IP))
  • POLLMANN, STEPHAN (Investigador principal (IP))

Ejecución: 01-01-2018 - 30-09-2021

Tipo: Nacional

Importe financiado: 96800,00 Euros.

  • iMarina

Nuevas fronteras de la biología de plantas

  • PERNAS OCHOA, MONICA (Participante)
  • SANCHEZ SANCHEZ, FLORA (Participante)
  • Jarrillo Quiroga, José Antonio (Participante)
  • Ponz Ascaso, Fernando (Participante)
  • GARCIA-ARENAL RODRIGUEZ, FERNANDO (Investigador principal (IP))
  • RUBIO HERRERO, LUIS MANUEL (Participante)
  • IMPERIAL RÓDENAS, JUAN (Participante)
  • WILKINSON, MARK DENIS (Participante)
  • LOPEZ SOLANILLA, EMILIA ANTONIA (Participante)
... Ver más Contraer

Ejecución: 01-01-2015 - 31-12-2016

Tipo: Nacional

Importe financiado: 9000,00 Euros.

  • iMarina

Detection and formal classification of certainty and its application to text mining of chains of scholarly statements

  • Wilkinson, Mark D. (Director) Doctorando: Prieto Godoy, Mario

1/1/2019

  • iMarina

Bioinformatic approaches to understand RNA biology in the rice blast fungus

  • Wilkinson, Mark D. (Director)
  • SESMA GALARRAGA, Ane (Director)
  • WILKINSON, MARK DENIS (Director) Doctorando: Marconi, Marco

1/1/2017

  • iMarina

FAIR approaches applied to unraveling Plant-Pathogen Interactions Data and RNA Processing Evolution

  • Wilkinson, Mark D. (Director)
  • SESMA GALARRAGA, Ane (Director)
  • WILKINSON, MARK DENIS (Director) Doctorando: Rodríguez Iglesias, Alejandro

1/9/2016

  • iMarina

Este/a investigador/a no tiene patentes o licencias de software.

Última actualización de los datos: 1/12/24 10:06