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Perfil en el portal institucional

Marabini Ruiz, Roberto roberto.marabini@uam.es

Ingeniería informática / Universidad Autónoma de Madrid

Actividades

Cryo-EM density maps adjustment for subtraction, consensus and sharpening

  • Fernández-Giménez E
  • Martínez M
  • Sánchez-García R
  • Marabini R
  • Ramírez-Aportela E
  • Conesa P
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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Journal Of Structural Biology - 1/12/2021

10.1016/j.jsb.2021.107780 Ver en origen

  • ISSN 10478477

Advances in xmipp for cryo–electron microscopy: From xmipp to scipion

  • Strelak D
  • Jiménez-Moreno A
  • Vilas JL
  • Ramírez-Aportela E
  • Sánchez-García R
  • Maluenda D
  • Vargas J
  • Herreros D
  • Fernández-Giménez E
  • de Isidro-Gómez FP
  • Horacek J
  • Myska D
  • Horacek M
  • Conesa P
  • Fonseca-Reyna YC
  • Jiménez J
  • Martínez M
  • Harastani M
  • Jonić S
  • Filipovic J
  • Marabini R
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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Molecules - 1/10/2021

10.3390/molecules26206224 Ver en origen

  • ISSN 14203049

Integration of Cryo-EM Model Building Software in Scipion

  • Martínez M
  • Jiménez-Moreno A
  • Maluenda D
  • Ramírez-Aportela E
  • Melero R
  • Cuervo A
  • Conesa P
  • Del Caño L
  • Fonseca YC
  • Sánchez-García R
  • Strelak D
  • Conesa JJ
  • Fernández-Giménez E
  • de Isidro F
  • Sorzano COS
  • Carazo JM
  • Marabini R
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Journal Of Chemical Information And Modeling (p. 2533-2540) - 26/5/2020

10.1021/acs.jcim.9b01032 Ver en origen

  • ISSN 15499596

Re-examining the spectra of macromolecules. Current practice of spectral quasi B-factor flattening

  • Vilas, J. L.
  • Vargas, J.
  • Martinez, M.
  • Ramirez-Aportela, E.
  • Melero, R.
  • Jimenez-Moreno, A.
  • Garduno, E.
  • Conesa, P.
  • Marabini, R.
  • Maluenda, D.
  • Carazo, J. M.
  • Sorzano, C. O. S.;
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Journal Of Structural Biology - 1/3/2020

10.1016/j.jsb.2020.107447 Ver en origen

  • ISSN 10478477

Automatic local resolution-based sharpening of cryo-EM maps

  • Ramírez-Aportela E
  • Vilas J
  • Glukhova A
  • Melero R
  • Conesa P
  • Martínez M
  • Maluenda D
  • Mota J
  • Jiménez A
  • Vargas J
  • Marabini R
  • Sexton P
  • Carazo J
  • Sorzano C
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Bioinformatics (p. 765-772) - 1/2/2020

10.1093/bioinformatics/btz671 Ver en origen

Continuous flexibility analysis of SARS-CoV-2 spike prefusion structures

  • Melero R
  • Sorzano COS
  • Foster B
  • Vilas JL
  • Martínez M
  • Marabini R
  • Ramiacute;rez-Aportela E
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  • Del Caño L
  • Losana P
  • Fonseca-Reyna YC
  • Conesa P
  • Wrapp D
  • Chacon P
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  • Tagare HD
  • Carazo JM
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Iucrj (p. 1059-1069) - 1/11/2020

10.1107/s2052252520012725 Ver en origen

  • ISSN 20522525

Measurement of local resolution in electron tomography

  • Vilas J
  • Oton J
  • Messaoudi C
  • Melero R
  • Conesa P
  • Ramirez-Aportela E
  • Mota J
  • Martinez M
  • Jimenez A
  • Marabini R
  • Carazo J
  • Vargas J
  • Sorzano C
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Journal Of Structural Biology - 1/1/2020

10.1016/j.yjsbx.2019.100016 Ver en origen

  • ISSN 10478477

Validation of Electron Microscopy Initial Models via Small Angle X-Ray Scattering Curves

  • Jiménez A, Jonic S, Majtner T, Otón J, Vilas JL, Maluenda D, Mota J, Ramírez-Aportela E, Martínez M, Rancel Y, Segura J, Sánchez-García R, Melero R, Del Cano L, Conesa P, Skjaerven L, Marabini R, Carazo JM, Sorzano COS

Bioinformatics (p. 2427-2433) - 15/7/2019

10.1093/bioinformatics/bty985

  • ISSN 13674803
  • iMarina

Flexible workflows for on-the-fly electron-microscopy single-particle image processing using Scipion

  • Maluenda D
  • Majtner T
  • Horvath P
  • Vilas JL
  • Jiménez-Moreno A
  • Mota J
  • Ramírez-Aportela E
  • Sánchez-García R
  • Conesa P
  • Del Caño L
  • Rancel Y
  • Fonseca Y
  • Martínez M
  • Sharov G
  • García CA
  • Strelak D
  • Melero R
  • Marabini R
  • Carazo JM
  • Sorzano COS
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Acta Crystallographica Section D-Structural Biology (p. 882-894) - 1/10/2019

10.1107/s2059798319011860

  • ISSN 20597983
  • iMarina

Survey of the analysis of continuous conformational variability of biological macromolecules by electron microscopy

  • Sorzano C
  • Jiménez A
  • Mota J
  • Vilas J
  • Maluenda D
  • Martínez M
  • Ramírez-Aportela E
  • Majtner T
  • Segura J
  • Sánchez-García R
  • Rancel Y
  • Del Caño L
  • Conesa P
  • Melero R
  • Jonic S
  • Vargas J
  • Cazals F
  • Freyberg Z
  • Krieger J
  • Bahar I
  • Marabini R
  • Carazo J
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Acta Crystallographica Section F-Structural Biology Communications (p. 19-32) - 1/1/2019

10.1107/s2053230x18015108 Ver en origen

  • ISSN 2053230X

Este/a investigador/a no tiene libros.

Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

  • Sorzano COS
  • Jiménez-Moreno A
  • Maluenda D
  • Ramírez-Aportela E
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  • Filipovic J
  • Fernández-Giménez E
  • de Isidro-Gómez F
  • Herreros D
  • Conesa P
  • del Caño L
  • Fonseca Y
  • de la Morena JJ
  • Macías JR
  • Losana P
  • Marabini R
  • Carazo JM
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Methods In Molecular Biology (p. 257-289) - 1/1/2021

10.1007/978-1-0716-1406-8_13 Ver en origen

  • ISSN 10643745

Soft X-ray tomography imaging for biological samples

  • Otón J
  • Sorzano COS
  • Chichón FJ
  • Carrascosa JL
  • Carazo JM
  • Marabini R

Applied And Numerical Harmonic Analysis (p. 187-220) - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_8 Ver en origen

  • ISSN 22965009

Interchanging geometry conventions in 3DEM: Mathematical context for the development of standards

  • Sorzano COS
  • Marabini R
  • Vargas J
  • Otón J
  • Cuenca-Alba J
  • Quintana A
  • de la Rosa-Trevín JM
  • Carazo JM
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Applied And Numerical Harmonic Analysis (p. 7-42) - 1/1/2014

10.1007/978-1-4614-9521-5_2 Ver en origen

  • ISSN 22965009

Consistent and elastic registration of histological sections using vector-spline regularization

  • Arganda-Carreras I
  • Sorzano COS
  • Marabini R
  • Carazo JM
  • Ortiz-De-Solorzano C
  • Kybic J

Lecture Notes In Computer Science (p. 85-95) - 1/1/2006

10.1007/11889762_8 Ver en origen

  • ISBN 9783540462576
  • ISSN 03029743

Algorithms for three-dimensional reconstruction from the imperfect projection data provided by electron microscopy

  • Carazo J
  • Herman G
  • Sorzano C
  • Marabini R

Electron Tomography: Methods For Three-Dimensional Visualization Of Structures In The Cell (p. 217-243) - 1/1/2006

10.1007/978-0-387-69008-7_8 Ver en origen

Grid computing in structure determination of biological specimens by electron microscope tomography

  • Fernández JJ
  • Bilbao-Castro JR
  • Marabini R
  • Carazo JM
  • García I

Lecture Notes In Computer Science (p. 171-181) - 1/1/2004

10.1007/978-3-540-24689-3_22 Ver en origen

  • ISBN 9783540210481
  • ISSN 03029743

Discrete Tomography in Electron Microscopy

  • Carazo, JM
  • Sorzano COS
  • Rietzel, E
  • Schroder, R
  • Marabini Ruiz, Roberto

Discrete Tomography: Foundations, Algorithms, And Applications (p. 405-416) - 1/1/1999

10.1007/978-1-4612-1568-4_18 Ver en origen

A GA-optimized neural network for classification of biological particles from electron-microscopy images

  • Marabini Ruiz, Roberto

Biological And Artificial Computation: From Neuroscience To Technology: International Work-Conference On Artificial And Natural Neural Networks, Iwann'97 (p. 1174-1182) - 1/1/1997

10.1007/bfb0032577 Ver en origen

Pattern recognition and classification of images of biological macromolecules using neural networks

  • MARABINI, R
  • CARAZO, JM;

Electron Microscopy 1994, Vol 1: Interdisciplinary Developments And Tools (p. 501-502) - 1/1/1994

  • iMarina

FSC-Q: A method for quality analysis of cryoEM-derived models

  • Ramirez-Aportela, E
  • Maluenda, D
  • Fonseca, YC
  • Conesa, P
  • Marabini, R
  • Sorzano, COS
  • Carazo, JM
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Acta Crystallographica A-Foundation And Advances (p. C56-C56) - 1/8/2021

  • ISSN 20532733
  • iMarina

Iterative reconstruction for pet scanners with continuous scintillators

  • Iriarte A
  • Caffarena G
  • Lopez-Fernandez M
  • Garcia-Carmona R
  • Otero A
  • Sorzano C
  • Marabini R
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Conference Proceedings : ... Annual International Conference Of The Ieee Engineering In Medicine And Biology Society. Ieee Engineering In Medicine And Biology Society. Conference (p. 2259-2262) - 4/11/2015

10.1109/embc.2015.7318842 Ver en origen

  • ISBN 978-142449271-8
  • ISSN 1557170X

An image processing approach to the simulation of electron microscopy volumes of atomic structures

  • Sorzano C
  • Vargas J
  • Oton J
  • Abrishami V
  • De La Rosa-Trevin J
  • Del Riego S
  • Fernandez-Alderete A
  • Martinez-Rey C
  • Marabini R
  • Carazo J
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2014 Ieee International Conference On Image Processing, Icip 2014 (p. 2095-2099) - 28/1/2014

10.1109/icip.2014.7025420 Ver en origen

Outlier detection for single particle analysis in Electron Microscopy

  • Sorzano, C. O. S.
  • Vargas, J.
  • de la Rosa-Trevin, J. M.
  • Zaldivar-Peraza, A.
  • Oton, J.
  • Abrishami, V.
  • Foche, I.
  • Marabini, R.
  • Caffarena, G.
  • Carazo, J. M.;
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Proceedings Iwbbio 2014: International Work-Conference On Bioinformatics And Biomedical Engineering (p. 950-959) - 1/1/2014

  • ISBN 9788415814849
  • iMarina

Image processing for Cellular tomography using soft X-rays

  • Sorzano
  • C O S Oton
  • J Cuenca
  • J Zaldivar-Perez
  • A Caffarena
  • G Sanchez-Jimenez
  • J Messaoudi
  • C Marco
  • S Marabini
  • R Carazo
  • J M
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2012 9th Ieee International Symposium On Biomedical Imaging (Isbi) (p. 1322-1322) - 1/4/2012

10.1109/isbi.2012.6235808

  • ISBN 9781457718571
  • ISSN 9781457718588
  • iMarina

Effects of the Downsampling Scheme on Three-dimensional Electron Microscopy of Single Particles

  • Sorzano C
  • Iriarte A
  • Marabini R
  • Carazo J

Wisp 2009: 6th Ieee International Symposium On Intelligent Signal Processing, Proceedings (p. 175-179) - 10/12/2009

10.1109/wisp.2009.5286563 Ver en origen

  • ISBN 978-1-4244-5059-6

Volumetric constraints in 3D tomography applied to electron microscopy

  • Marabini R
  • Herman G
  • Sorzano C
  • Carazo J

Proceedings (International Symposium On Biomedical Imaging) (p. 641-644) - 1/1/2002

10.1109/isbi.2002.1029339 Ver en origen

  • ISBN 0-7803-7584-X
  • ISSN 19457928

3D reconstruction of 2D crystals from projections in real space

  • Marabini R
  • Herman G
  • Sorzano C
  • Carazo J
  • Fernandez J
  • Matej S

Proceedings (International Symposium On Biomedical Imaging) (p. 689-692) - 1/1/2002

10.1109/isbi.2002.1029351 Ver en origen

  • ISSN 19457928

The effect of overabundant projection directions on 3D reconstruction algorithms

  • Sorzano C
  • Marabini R
  • Boisset N
  • Rietzel E
  • Schröder R
  • Herman G
  • Carazo J
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Journal Of Structural Biology (p. 108-118) - 1/1/2001

10.1006/jsbi.2001.4338 Ver en origen

  • ISSN 10478477

Zero-loss P-contrast in EFTEM

  • Rietzel, E
  • Schorsch, P
  • Muller, H
  • Marabini, R
  • Sorzano, C
  • Carazo, JM
  • Schimpf, U
  • Leue, C
  • Holmes, KC
  • Schroder, RR;
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Electron Microscopy 1998, Vol 4: Biological Sciences (p. 421-422) - 1/1/1998

  • iMarina

Este/a investigador/a no tiene documentos de trabajo.

Este/a investigador/a no tiene informes técnicos.

Reconstrucción tridimensional de vírus icosahedricos preservando sus características no icosahedricas.

  • Marabini Ruiz, Roberto (Investigador principal (IP))

Ejecución: 01-01-2010 - 31-12-2012

  • iMarina

Computación de altas prestaciones en tomografía

  • Marabini Ruiz, Roberto (Investigador principal (IP))

Ejecución: 01-01-2010 - 01-01-2013

  • iMarina

Hacia la proteomica visual: Herramientas para el cálculo y manejo de estructuras tridimensionales.

  • Ignacio Arganda Carreras (Investigador/a)
  • Ana Iriarte Ruiz (Investigador/a)
  • Simone Santini (Investigador/a)
  • Marabini Ruiz, Roberto (Investigador principal (IP))

Ejecución: 10-01-2007 - 04-04-2010

  • iMarina

Reconstrucción tridimensional de alta resolución en camaras pet de animales pequeños.

  • Iriarte Ruiz, Ana (Investigador/a)
  • SORZANO SANCHEZ, CARLOS OSCAR (Investigador/a)
  • Javier Velazquez Muriel (Investigador/a)
  • Monica Chagoyen Quiles (Investigador/a)
  • Carazo Garcia, Jose Maria S (Investigador/a)
  • Carlos Oscar Sanchez Sorzano (Investigador/a)
  • Marabini Ruiz, Roberto (Investigador principal (IP))
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Ejecución: 01-01-2005 - 31-05-2008

  • iMarina

Scipion: a software framework toward integration, reproducibility and validation in 3D Electron Microscopy

  • Marabini Ruiz, Roberto (Autor o Coautor)
  • Roberto Marabini Ruiz (Director)
  • José María Carazo García (Director) Doctorando: Miguel de la Rosa

25/10/2017

  • iMarina

New computational methods toward atomic resolution in single particle cryo-electron microscopy

  • Marabini Ruiz, Roberto (Autor o Coautor)
  • José María Carazo García (Director)
  • Carlos Oscar Sanchez Sorzano (Director)
  • Roberto Marabini Ruiz (Director) Doctorando: Vahid Abrishami

22/6/2016

  • iMarina

High resolution three-dimensional reconstruction for small animal pet cameras

  • SORZANO SANCHEZ, CARLOS OSCAR (Director)
  • Marabini Ruiz, Roberto (Director) Doctorando: Iriarte Ruiz, Ana

19/7/2012

  • iMarina

Este/a investigador/a no tiene patentes o licencias de software.

Última actualización de los datos: 18/03/24 22:26